Локализованное руководство по чтению

nextflow-developmentНазначение, использование и источник

Запустите биоинформатические конвейеры nf-core (rnaseq, sarek, atacseq) на данных секвенирования. Используйте при анализе РНК-секвенирования.WGS/WESили данные ATAC-seq — либо локальные FASTQ-файлы, либо общедоступные наборы данных.GEO/SRA.Триггеры на nf-core, Nextflow, анализ FASTQ, выявление вариантов, экспрессия генов, дифференциальная экспрессия, реанализ GEO,GSE/GSM/SRRсоздание образцов или каталогов образцов.

Источник получен: 2026-10-29

Репозиторий-источник: anthropics/knowledge-work-plugins
SKILL.md: bio-research/skills/nextflow-development/SKILL.md
Звёзды репозитория: 34,049
Последнее обновление репозитория: 2026-10-30
Категории Skills: Исследования
Время последнего сбора: 2026-10-31 10:38 UTC+08:00

Лицензия: Файл лицензии требует проверки

Оригинальный файл SKILL.md

Приведенные фрагменты описания рабочих процессов являются вспомогательными средствами для чтения, а не исполняемыми инструкциями от Codez. Для создания этой страницы не использовались сторонние инструменты.

Приведённые ниже фрагменты, описывающие цели и рабочие процессы, представляют собой исходный материал, систематизированный и переведённый для удобства чтения. Они отличаются от отдельно обозначенного редакционного анализа Codez.

Что делает этот навык

Как работает рабочий процесс на вышестоящем уровне

Развертывание конвейера nf-core

Запускайте биоинформатические конвейеры nf-core на локальных или общедоступных данных секвенирования. Целевая аудитория: ученые и исследователи без специальной подготовки в области биоинформатики, которым необходимо проводить крупномасштабные омиксные анализы — анализ дифференциальной экспрессии, выявление вариантов или анализ доступности хроматина.

проход вверх по течению · L6 ↗

Шаг0: Получение данных (GEO/SRAТолько)

Пропустите этот шаг, если у пользователя есть локальные FASTQ-файлы. Для общедоступных наборов данных выполните загрузку из...GEO/SRAсначала. См.references/geo-sra-acquisition.mdДля полного цикла работы. ТОЧКА ПРИНЯТИЯ РЕШЕНИЯ: После получения информации об исследовании подтвердите с пользователем: какой набор данных следует загрузить (если используются данные нескольких типов).

проход вверх по течению · L26 ↗

Шаг2: Выберите конвейер

ТОЧКА ПРИНЯТИЯ РЕШЕНИЯ: Перед продолжением подтвердите с пользователем. Автоматическое определение на основе данных: Подробная информация о конкретном конвейере обработки данных:

проход вверх по течению · L88 ↗

проход вверх по течению · ↗

- [ ] Step 0: Acquire data (if from GEO/SRA)
- [ ] Step 1: Environment check (MUST pass)
- [ ] Step 2: Select pipeline (confirm with user)
- [ ] Step 3: Run test profile (MUST pass)
- [ ] Step 4: Create samplesheet
- [ ] Step 5: Configure & run (confirm genome with user)
- [ ] Step 6: Verify outputs

Требования и настройка

Шаг1Проверка окружающей среды

Сначала выполните команду run. Конвейер завершится с ошибкой, если не будет проверено окружение. Все критические проверки должны быть пройдены. Если какая-либо из них не пройдена, предоставьте инструкции по исправлению:

проход вверх по течению · L53 ↗

Ограничения и проверки качества

Из этого файла не был выбран отдельный фрагмент с ограничениями. Это не означает, что навык безопасен для любых входных данных или сред. Проверьте полный исходный код и подтвердите свой собственный результат.

Начните с безопасного пробного периода.

Проверьте поддерживаемый хост и инструкции по установке репозитория. Храните каталог Skill, а также связанные с ним скрипты, ресурсы и документацию вместе;SKILL.mdВ одиночку можно опустить зависимости.
Предоставьте агенту ваши реальные входные данные, желаемый результат и критерии приемки. Синтаксис вызова и доступные инструменты зависят от хоста; данный сайт не предполагает универсальной команды установки.
Попробуйте запустить исходный рабочий процесс в тестовом проекте или в его копии. Перед тем как разрешить операции, изменяющие файлы, удаленные сервисы или оплачиваемые ресурсы, проверьте их.
Проверьте выходные данные на соответствие исходным проверкам качества и вашим собственным требованиям. Успешный запуск или большое количество звезд в репозитории не гарантируют корректного результата.

Формат навыков и спецификация каталога ↗

Подробнее читайте в источнике.

Перевод и сфера применения

В этом руководстве по чтению представлены избранные отрывки из закрепленного текста выше по течению.SKILL.mdПеревод выполнен с помощью переводчика. Это не полное руководство и не гарантия проверенной совместимости. Перед использованием ознакомьтесь с оригиналом и указанными в нем файлами.

Данное введение относится к закрепленной ниже версии; текущая активность в репозитории и время сбора данных отображаются отдельно.

Закрепленный источник: Прочитайте оригинал ↗
Источник получен: 2026-10-29T09:32:23Z
Исходный коммит: 2574e29377c7173d0cecffef29a6ecbd7f8ccb5d
Исходный SHA-256: f30017df5d499427a701ec6cedfc5c9948ca3bd04ee1a2b6a585a29cd93ad0d7

Вернуться к полному каталогу навыков