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Lokalisierter Leseleitfaden

nextflow-developmentZweck, Verwendung und Quelle

Führe NF-Core-Bioinformatik-Pipelines (rnaseq, sarek, atacseq) auf Sequenzierungsdaten aus. Verwende sie bei der Analyse von RNA-Seq-Daten.WGS/WESoder ATAC-seq-Daten – entweder lokale FASTQs oder öffentliche Datensätze vonGEO/SRA.Trigger auf nf-core, Nextflow, FASTQ-Analyse, Variantenaufruf, Genexpression, differentielle Expression, GEO-Reanalyse,GSE/GSM/SRRZugangsnummern oder Erstellung von Musterblättern.

Quelle abgerufen:

Quell-Repository
anthropics/knowledge-work-plugins
SKILL.md
bio-research/skills/nextflow-development/SKILL.md
Repository-Sterne
34,049
Repository zuletzt aktualisiert
2026-10-30
Fähigkeitskategorien
Forschung
Letzte Datenerfassung

Lizenz: Lizenzdatei: Prüfung ausstehend

Original SKILL.md

Die Workflow-Auszüge dienen als Lesehilfe und sind keine ausführbaren Anweisungen von Codez. Für die Erstellung dieser Seite wurde keine Drittanbieter-Skill verwendet.

Die folgenden Abschnitte zu Zweck und Arbeitsablauf sind vorgelagertes Material, das zur besseren Lesbarkeit aufbereitet und übersetzt wurde. Sie unterscheiden sich von der separat gekennzeichneten redaktionellen Analyse von Codez.

Was diese Fähigkeit bewirkt

Führe NF-Core-Bioinformatik-Pipelines (rnaseq, sarek, atacseq) auf Sequenzierungsdaten aus. Verwende sie bei der Analyse von RNA-Seq-Daten.WGS/WESoder ATAC-seq-Daten – entweder lokale FASTQs oder öffentliche Datensätze vonGEO/SRA.Trigger auf nf-core, Nextflow, FASTQ-Analyse, Variantenaufruf, Genexpression, differentielle Expression, GEO-Reanalyse,GSE/GSM/SRRZugangsnummern oder Erstellung von Musterblättern.

Wie der vorgelagerte Workflow funktioniert

nf-core Pipeline-Bereitstellung

Führen Sie nf-core-Bioinformatik-Pipelines auf lokalen oder öffentlichen Sequenzierungsdaten aus. Zielgruppe: Wissenschaftler und Forscher ohne spezielle Bioinformatik-Kenntnisse, die umfangreiche Omics-Analysen durchführen müssen – z. B. differentielle Genexpression, Variantenerkennung oder Chromatinzugänglichkeitsanalyse.

Aufwärtspassage · L6 ↗

Schritt0: Daten erfassen (GEO/SRANur)

Diesen Schritt überspringen, wenn der Benutzer lokale FASTQ-Dateien besitzt. Öffentliche Datensätze werden von [Quelle einfügen] abgerufen.GEO/SRAzuerst. Siehereferences/geo-sra-acquisition.mdfür den vollständigen Workflow. ENTSCHEIDUNGSPUNKT: Nach dem Abrufen der Studieninformationen mit dem Benutzer abklären: Welche Stichprobenuntergruppe heruntergeladen werden soll (falls mehrere Datentypen vorhanden sind)

Aufwärtspassage · L26 ↗

Schritt2Pipeline auswählen

ENTSCHEIDUNGSPUNKT: Vor dem Fortfahren Rücksprache mit dem Benutzer halten. Automatische Erkennung aus den Daten: Für pipelinespezifische Details:

Aufwärtspassage · L88 ↗
Aufwärtspassage · ↗
- [ ] Step 0: Acquire data (if from GEO/SRA)
- [ ] Step 1: Environment check (MUST pass)
- [ ] Step 2: Select pipeline (confirm with user)
- [ ] Step 3: Run test profile (MUST pass)
- [ ] Step 4: Create samplesheet
- [ ] Step 5: Configure & run (confirm genome with user)
- [ ] Step 6: Verify outputs

Anforderungen und Einrichtung

Schritt1Umgebungsprüfung

Führen Sie den ersten Schritt aus. Die Pipeline schlägt fehl, wenn die Umgebungsprüfung nicht erfolgreich ist. Alle kritischen Prüfungen müssen bestanden werden. Falls eine Prüfung fehlschlägt, geben Sie bitte Anweisungen zur Fehlerbehebung an.

Aufwärtspassage · L53 ↗

Grenzwerte und Qualitätskontrollen

Aus dieser Datei wurde kein separater Grenzwertabschnitt ausgewählt. Dies bedeutet nicht, dass die Anwendung für jede Eingabe oder Umgebung geeignet ist. Überprüfen Sie den vollständigen Quellcode und validieren Sie Ihr Ergebnis selbst.

Beginnen Sie mit einem sicheren Testlauf

  1. Prüfen Sie den unterstützten Host und die Installationsanweisungen für das Repository. Halten Sie das Skill-Verzeichnis und die darin enthaltenen Skripte, Assets und Dokumentationen zusammen;SKILL.mdEine Einzelperson kann Abhängigkeiten außer Acht lassen.
  2. Geben Sie dem Agenten Ihre tatsächlichen Eingaben, die gewünschten Ausgaben und die Akzeptanzkriterien an. Aufrufsyntax und verfügbare Tools hängen vom Hostsystem ab; diese Website geht nicht von einem universellen Installationsbefehl aus.
  3. Testen Sie den Quellworkflow in einem temporären Projekt oder auf einer Kopie. Überprüfen Sie Vorgänge, die Dateien, Remote-Dienste oder abrechnungsfähige Ressourcen ändern, bevor Sie diese zulassen.
  4. Überprüfen Sie die Ausgabe anhand der Quellqualitätsprüfungen und Ihrer eigenen Anforderungen. Ein erfolgreicher Trigger oder eine hohe Anzahl von Sternen im Repository garantiert kein korrektes Ergebnis.

Spezifikation des Kompetenzformats und des Verzeichnisses ↗

Lesen Sie mehr dazu in der Quelle.

Übersetzung und Umfang

Dieser Leseleitfaden wählt Passagen aus dem markierten stromaufwärts gelegenen Abschnitt aus.SKILL.mdDie Übersetzung wurde unterstützt. Es handelt sich weder um ein vollständiges Handbuch noch um eine Garantie für geprüfte Kompatibilität. Lesen Sie vor der Verwendung das Original und die darin referenzierten Dateien.

Diese Einleitung bezieht sich auf die unten angepinnte Version; die aktuelle Repository-Aktivität und der Erfassungszeitpunkt werden separat angezeigt.

Angeheftete Quelle
Lesen Sie das Original ↗
Quelle abgerufen
Source-Commit
2574e29377c7173d0cecffef29a6ecbd7f8ccb5d
Quelle SHA-256
f30017df5d499427a701ec6cedfc5c9948ca3bd04ee1a2b6a585a29cd93ad0d7
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