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Guide de lecture localisé

nextflow-developmentObjectif, utilisation et source

Exécutez les pipelines bioinformatiques nf-core (rnaseq, sarek, atacseq) sur les données de séquençage. À utiliser lors de l'analyse de données RNA-seq.WGS/WESou des données ATAC-seq, qu'il s'agisse de fichiers FASTQ locaux ou d'ensembles de données publics provenant deGEO/SRA.Déclencheurs sur nf-core, Nextflow, analyse FASTQ, appel de variants, expression génique, expression différentielle, réanalyse GEO,GSE/GSM/SRRaccessions, ou création de feuilles d'échantillons.

Source récupérée:

Dépôt source
anthropics/knowledge-work-plugins
SKILL.md
bio-research/skills/nextflow-development/SKILL.md
Étoiles du dépôt
34,049
Mise à jour du dépôt
2026-10-30
Catégories de capacités
Recherche
Dernière collecte

Licence : Fichier de licence à vérifier

SKILL.md original

Les extraits de flux de travail sont des outils de lecture et non des instructions exécutables de Codez. Aucune compétence tierce n'a été utilisée pour générer cette page.

Les passages relatifs à l'objectif et au flux de travail ci-dessous constituent le contenu original, organisé et traduit pour la lecture. Ils sont distincts de l'analyse éditoriale de Codez, qui est étiquetée séparément.

À quoi sert cette compétence ?

Exécutez les pipelines bioinformatiques nf-core (rnaseq, sarek, atacseq) sur les données de séquençage. À utiliser lors de l'analyse de données RNA-seq.WGS/WESou des données ATAC-seq, qu'il s'agisse de fichiers FASTQ locaux ou d'ensembles de données publics provenant deGEO/SRA.Déclencheurs sur nf-core, Nextflow, analyse FASTQ, appel de variants, expression génique, expression différentielle, réanalyse GEO,GSE/GSM/SRRaccessions, ou création de feuilles d'échantillons.

Comment fonctionne le flux de travail en amont

Déploiement de pipeline nf-core

Exécutez des pipelines bioinformatiques nf-core sur des données de séquençage locales ou publiques. Utilisateurs cibles : scientifiques et chercheurs en laboratoire sans formation spécialisée en bioinformatique qui ont besoin d’effectuer des analyses omiques à grande échelle (expression différentielle, identification de variants ou analyse de l’accessibilité de la chromatine).

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Étape0: Acquérir des données (GEO/SRASeulement)

Ignorez cette étape si l'utilisateur possède des fichiers FASTQ locaux. Pour les jeux de données publics, récupérez-les depuis [source manquante].GEO/SRAtout d'abord. Voirreferences/geo-sra-acquisition.mdPour le flux de travail complet. POINT DE DÉCISION : Après avoir récupéré les informations de l’étude, confirmer avec l’utilisateur : Quel sous-ensemble d’échantillons télécharger (en cas de types de données multiples)

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Étape2: Sélectionner le pipeline

POINT DE DÉCISION : Confirmer avec l’utilisateur avant de continuer. Détection automatique à partir des données : Pour plus de détails spécifiques au pipeline :

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- [ ] Step 0: Acquire data (if from GEO/SRA)
- [ ] Step 1: Environment check (MUST pass)
- [ ] Step 2: Select pipeline (confirm with user)
- [ ] Step 3: Run test profile (MUST pass)
- [ ] Step 4: Create samplesheet
- [ ] Step 5: Configure & run (confirm genome with user)
- [ ] Step 6: Verify outputs

Configuration requise

Étape1: Contrôle environnemental

Exécutez d'abord cette opération. Le pipeline échouera si l'environnement n'est pas validé. Tous les contrôles critiques doivent être réussis. En cas d'échec, veuillez fournir les instructions de correction :

passage en amont · L53 ↗

Limites et contrôles de qualité

Aucun passage de limite distinct n'a été sélectionné dans ce fichier. Cela ne signifie pas que la compétence est sûre pour toutes les entrées ou tous les environnements. Consultez le code source complet et validez vos résultats.

Commencez par un essai sans danger

  1. Vérifiez l'hôte pris en charge et les instructions d'installation du dépôt. Conservez le répertoire Skill ainsi que ses scripts, ressources et documentation référencés ;SKILL.mdSeul, il peut omettre les dépendances.
  2. Indiquez à l'agent vos paramètres d'entrée réels, le résultat souhaité et les critères d'acceptation. La syntaxe d'appel et les outils disponibles dépendent du système hôte ; ce site ne propose pas de commande d'installation universelle.
  3. Testez le flux de travail source dans un projet temporaire ou sur une copie. Avant d'autoriser les opérations qui modifient des fichiers, des services distants ou des ressources facturables, examinez-les attentivement.
  4. Vérifiez la conformité du résultat avec les contrôles qualité sources et vos propres exigences. Un déclenchement réussi ou un nombre élevé d'étoiles dans le dépôt ne garantissent pas un résultat correct.

Spécifications du format et du répertoire des compétences ↗

Pour en savoir plus, consultez la source.

Traduction et étendue

Ce guide de lecture sélectionne des passages de l'amont épingléSKILL.mdCette traduction est assistée. Elle ne constitue pas un manuel complet et ne garantit pas une compatibilité testée. Veuillez lire le document original et les fichiers auxquels il fait référence avant utilisation.

Cette introduction fait référence à la version épinglée ci-dessous ; l’activité actuelle du dépôt et la durée de la collecte sont indiquées séparément.

Source épinglée
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Source récupérée
Commit source
2574e29377c7173d0cecffef29a6ecbd7f8ccb5d
Source SHA-256
f30017df5d499427a701ec6cedfc5c9948ca3bd04ee1a2b6a585a29cd93ad0d7
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