Guia de leitura localizado
nextflow-developmentFinalidade, utilização e fonte
Execute pipelines de bioinformática nf-core (rnaseq, sarek, atacseq) em dados de sequenciamento. Utilize-os na análise de RNA-seq.WGS/WESou dados ATAC-seq — sejam arquivos FASTQ locais ou conjuntos de dados públicos deGEO/SRA.Gatilhos em nf-core, Nextflow, análise FASTQ, identificação de variantes, expressão gênica, expressão diferencial, reanálise GEO.GSE/GSM/SRRacessos ou criação de folhas de amostra.
Fonte recuperada:
- Repositório de origem
- anthropics/knowledge-work-plugins
- SKILL.md
bio-research/skills/nextflow-development/SKILL.md- Estrelas do repositório
- 34,049
- Atualização do repositório
- 2026-10-30
- Classificação de Habilidades
- Pesquisa
- Última coleta
Licença: Arquivo de licença pendente de verificação
Os trechos do fluxo de trabalho são auxiliares de leitura e não instruções executáveis do Codez. Nenhuma Skill de terceiros foi executada para gerar esta página.
Os trechos abaixo, que descrevem o propósito e o fluxo de trabalho, são material original, organizado e traduzido para facilitar a leitura. Eles são distintos da análise editorial da Codez, que possui uma etiqueta separada.
O que esta habilidade faz
Execute pipelines de bioinformática nf-core (rnaseq, sarek, atacseq) em dados de sequenciamento. Utilize-os na análise de RNA-seq.WGS/WESou dados ATAC-seq — sejam arquivos FASTQ locais ou conjuntos de dados públicos deGEO/SRA.Gatilhos em nf-core, Nextflow, análise FASTQ, identificação de variantes, expressão gênica, expressão diferencial, reanálise GEO.GSE/GSM/SRRacessos ou criação de folhas de amostra.
Como funciona o fluxo de trabalho upstream
Implantação do Pipeline nf-core
Execute pipelines de bioinformática do nf-core em dados de sequenciamento locais ou públicos. Público-alvo: Cientistas de bancada e pesquisadores sem formação especializada em bioinformática que precisam executar análises ômicas em larga escala — expressão diferencial, identificação de variantes ou análise de acessibilidade da cromatina.
Passagem a montante · L6 ↗Etapa0: Adquirir dados (GEO/SRAApenas)
Ignore esta etapa se o usuário tiver arquivos FASTQ locais. Para conjuntos de dados públicos, busque-os emGEO/SRAprimeiro. Vejareferences/geo-sra-acquisition.mdpara o fluxo de trabalho completo. PONTO DE DECISÃO: Após obter as informações do estudo, confirme com o usuário: Qual subconjunto de amostras baixar (se houver vários tipos de dados)
Passagem a montante · L26 ↗Etapa2: Selecionar Pipeline
PONTO DE DECISÃO: Confirme com o usuário antes de prosseguir. Detecção automática a partir dos dados: Para detalhes específicos do pipeline:
Passagem a montante · L88 ↗- [ ] Step 0: Acquire data (if from GEO/SRA)
- [ ] Step 1: Environment check (MUST pass)
- [ ] Step 2: Select pipeline (confirm with user)
- [ ] Step 3: Run test profile (MUST pass)
- [ ] Step 4: Create samplesheet
- [ ] Step 5: Configure & run (confirm genome with user)
- [ ] Step 6: Verify outputsRequisitos e configuração
Etapa1Verificação do ambiente
Execute primeiro. O pipeline falhará se o ambiente não for aprovado. Todas as verificações críticas devem ser aprovadas. Se alguma falhar, forneça instruções para correção:
Passagem a montante · L53 ↗Limites e verificações de qualidade
Nenhuma passagem de limites separada foi selecionada deste arquivo. Isso não significa que a Skill seja segura para todas as entradas ou ambientes. Analise o código-fonte completo e valide seus próprios resultados.
Comece com um teste seguro.
- Verifique o host compatível e as instruções de instalação do repositório. Mantenha o diretório Skill e seus scripts, recursos e documentação referenciados juntos;SKILL.mdsozinho pode omitir dependências.
- Forneça ao agente suas entradas reais, a saída desejada e os critérios de aceitação. A sintaxe de invocação e as ferramentas disponíveis dependem do host; este site não pressupõe um comando de instalação universal.
- Teste o fluxo de trabalho original em um projeto descartável ou em uma cópia. Analise as operações que alteram arquivos, serviços remotos ou recursos faturáveis antes de permiti-las.
- Valide o resultado comparando-o com as verificações de qualidade da fonte e com seus próprios requisitos. Um gatilho bem-sucedido ou uma alta contagem de estrelas no repositório não garantem um resultado correto.
Leia mais na fonte.
- Implantação do Pipeline nf-core
- Etapa0: Adquirir dados (GEO/SRAApenas)
- Etapa1Verificação do ambiente
- problemas do Java
- Etapa2: Selecionar Pipeline
- Etapa3: Executar perfil de teste
- Gerar automaticamente
- Formatos de folhas de amostra
- 5a. Verificar a disponibilidade do genoma
- 5b. Pontos de decisão
- 5c. Executar pipeline
- Principais resultados por oleoduto
- Referência rápida
- Referências
- Isenção de responsabilidade
- Atribuição
- Licenças
Habilidades relacionadas
Tradução e escopo
Este guia de leitura seleciona trechos do texto fixado a montante.SKILL.mdA tradução foi feita com auxílio de ferramentas. Este não é um manual completo nem garante compatibilidade comprovada. Leia o original e os arquivos referenciados antes de usar.
Esta introdução refere-se à versão fixada abaixo; a atividade atual do repositório e o tempo de coleta são mostrados separadamente.
- Fonte fixada
- Leia o original ↗
- Fonte recuperada
- Commit de origem
2574e29377c7173d0cecffef29a6ecbd7f8ccb5d- Fonte SHA-256
f30017df5d499427a701ec6cedfc5c9948ca3bd04ee1a2b6a585a29cd93ad0d7