nextflow-development目的、用途、および情報源

このスキルが何をするか

シーケンスデータに対してnf-coreバイオインフォマティクスパイプライン（rnaseq、sarek、atacseq）を実行します。RNA-seqを解析する際に使用します。WGS/WESまたはATAC-seqデータ（ローカルFASTQまたは公開データセット）GEO/SRA.nf-core、Nextflow、FASTQ解析、バリアントコール、遺伝子発現、差分発現、GEO再解析のトリガー、GSE/GSM/SRR登録、またはサンプルシートの作成。

上流ワークフローの仕組み

- [ ] Step 0: Acquire data (if from GEO/SRA)
- [ ] Step 1: Environment check (MUST pass)
- [ ] Step 2: Select pipeline (confirm with user)
- [ ] Step 3: Run test profile (MUST pass)
- [ ] Step 4: Create samplesheet
- [ ] Step 5: Configure & run (confirm genome with user)
- [ ] Step 6: Verify outputs

要件とセットアップ

制限事項と品質チェック

このファイルからは、個別の制限に関する記述は選択されていません。これは、このスキルがあらゆる入力や環境において安全であることを意味するものではありません。ソースコード全体を確認し、ご自身で結果を検証してください。

まずは安全なトライアルから始めましょう

1. サポートされているホストとリポジトリのインストール手順を確認してください。スキルディレクトリと、それに関連付けられているスクリプト、アセット、ドキュメントはまとめて保管してください。SKILL.md単独では依存関係を省略できる場合があります。
2. エージェントに実際の入力、希望する出力、および受け入れ基準を指定してください。呼び出し構文と利用可能なツールはホストによって異なります。このサイトは、汎用的なインストールコマンドを前提としていません。
3. 使い捨てプロジェクトまたはコピーで、元のワークフローを試してみてください。ファイル、リモートサービス、または課金対象リソースを変更する操作は、許可する前に必ず確認してください。
4. 出力結果をソースの品質チェックおよび独自の要件と照らし合わせて検証してください。トリガーが成功したことやリポジトリのスター数が多いことだけでは、正しい結果とは言えません。

スキルフォーマットとディレクトリの仕様 ↗

詳細は出典元をご覧ください。

• nf-coreパイプラインの展開
• ステップ0: データ取得 (GEO/SRAのみ）
• ステップ1環境チェック
• Javaの問題
• ステップ2パイプラインを選択
• ステップ3: テストプロファイルを実行する
• 自動的に生成する
• サンプルシートのフォーマット
• 5a. ゲノムの入手可能性を確認する
• 5b. 決定ポイント
• 5c. パイプラインを実行する
• パイプラインごとの主要出力
• クイックリファレンス
• 参考文献
• 免責事項
• 帰属
• ライセンス

関連スキル

• account-contextanthropics/knowledge-work-plugins
• account-researchanthropics/knowledge-work-plugins
• account-researchanthropics/knowledge-work-plugins
• briefanthropics/knowledge-work-plugins

翻訳と範囲

この読書ガイドは、ピン留めされた上流からの抜粋を選りすぐっていますSKILL.md翻訳は補助的なものです。完全なマニュアルではなく、互換性テスト済みであることを保証するものでもありません。ご使用前に原文および参照ファイルをお読みください。

この紹介文は、下記に固定表示されているバージョンに関するものです。現在のリポジトリのアクティビティと収集時間は別途表示されます。

ピン留めされたソース

原文を読む ↗

ソースを取得しました

2026-10-29T09:32:23Z

ソースコミット

2574e29377c7173d0cecffef29a6ecbd7f8ccb5d

ソースSHA-256

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