Skill 多語言閱讀指南
nextflow-development用途、用法與原始來源
在定序資料上運行 nf-core 生物資訊學流程（rnaseq、sarek、atacseq）。用於分析 RNA-seq 數據。WGS/WES或ATAC-seq資料－可以是本機FASTQ文件，也可以是來自公共資料集的文件。GEO/SRA.觸發 nf-core、Nextflow、FASTQ 分析、變異檢測、基因表現、差異表現、GEO 重新分析、GSE/GSM/SRR入藏或樣品表創建。
原文擷取時間:
- SKILL.md
bio-research/skills/nextflow-development/SKILL.md- 儲存庫 Star
- 34,049
- 儲存庫最近更新
- 2026-10-30
- 能力分類
- 研究
- 最近採集時間
授權：授權檔案待核驗
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這個 Skill 能做什麼
在定序資料上運行 nf-core 生物資訊學流程（rnaseq、sarek、atacseq）。用於分析 RNA-seq 數據。WGS/WES或ATAC-seq資料－可以是本機FASTQ文件，也可以是來自公共資料集的文件。GEO/SRA.觸發 nf-core、Nextflow、FASTQ 分析、變異檢測、基因表現、差異表現、GEO 重新分析、GSE/GSM/SRR入藏或樣品表創建。
如何使用：上游操作流程
nf-core 管路部署
在本地或公共定序資料上運行 nf-core 生物資訊學流程。目標使用者：缺乏專業生物資訊學培訓，但需要執行大規模組學分析（差異表達、變異檢測或染色質可及性分析）的實驗室科學家和研究人員。
原文片段 · L6 ↗步0：獲取數據（GEO/SRA僅有的）
如果使用者已有本機 FASTQ 文件，請跳過此步驟。對於公共資料集，請從下列位置取得：GEO/SRA首先，請看。references/geo-sra-acquisition.md完整工作流程。決策點：在取得研究資訊後，請與使用者確認：要下載哪個樣本子集（如果存在多種資料類型）。
原文片段 · L26 ↗- [ ] Step 0: Acquire data (if from GEO/SRA)
- [ ] Step 1: Environment check (MUST pass)
- [ ] Step 2: Select pipeline (confirm with user)
- [ ] Step 3: Run test profile (MUST pass)
- [ ] Step 4: Create samplesheet
- [ ] Step 5: Configure & run (confirm genome with user)
- [ ] Step 6: Verify outputs環境與相依需求
限制與結果檢查
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2574e29377c7173d0cecffef29a6ecbd7f8ccb5d- 原文 SHA-256
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