C✳CODEZ.WIN
🌐 Bahasa Indonesia

Panduan membaca yang dilokalisasi

nextflow-developmentTujuan, penggunaan, dan sumber

Jalankan pipeline bioinformatika nf-core (rnaseq, sarek, atacseq) pada data sekuensing. Gunakan saat menganalisis RNA-seq,WGS/WES, atau data ATAC-seq—baik FASTQ lokal maupun dataset publik dariGEO/SRA.Pemicu pada nf-core, Nextflow, analisis FASTQ, penentuan varian, ekspresi gen, ekspresi diferensial, analisis ulang GEO,GSE/GSM/SRRakuisisi, atau pembuatan lembar sampel.

Sumber diambil:

Repositori sumber
anthropics/knowledge-work-plugins
SKILL.md
bio-research/skills/nextflow-development/SKILL.md
Bintang Repositori
34,049
Pembaruan terakhir repositori
2026-10-30
Klasifikasi Kemampuan
Riset
Waktu pengumpulan terbaru

Lisensi: File lisensi perlu diverifikasi

SKILL.md asli

Cuplikan alur kerja adalah alat bantu baca, bukan instruksi yang dapat dieksekusi dari Codez. Tidak ada Skill pihak ketiga yang dijalankan untuk menghasilkan halaman ini.

Bagian yang menjelaskan tujuan dan alur kerja di bawah ini merupakan materi dari hulu, yang telah diorganisir dan diterjemahkan untuk dibaca. Bagian ini berbeda dari analisis editorial Codez yang diberi label secara terpisah.

Apa yang dilakukan oleh Skill ini?

Jalankan pipeline bioinformatika nf-core (rnaseq, sarek, atacseq) pada data sekuensing. Gunakan saat menganalisis RNA-seq,WGS/WES, atau data ATAC-seq—baik FASTQ lokal maupun dataset publik dariGEO/SRA.Pemicu pada nf-core, Nextflow, analisis FASTQ, penentuan varian, ekspresi gen, ekspresi diferensial, analisis ulang GEO,GSE/GSM/SRRakuisisi, atau pembuatan lembar sampel.

Bagaimana alur kerja hulu bekerja

Penyebaran Pipeline nf-core

Jalankan pipeline bioinformatika nf-core pada data sekuensing lokal atau publik. Pengguna sasaran: Ilmuwan dan peneliti di laboratorium tanpa pelatihan bioinformatika khusus yang perlu menjalankan analisis omik skala besar—ekspresi diferensial, penentuan varian, atau analisis aksesibilitas kromatin.

Jalur hulu · L6 ↗

Melangkah0: Memperoleh Data (GEO/SRAHanya)

Lewati langkah ini jika pengguna memiliki file FASTQ lokal. Untuk dataset publik, ambil dariGEO/SRAPertama. Lihatreferences/geo-sra-acquisition.mdUntuk alur kerja lengkapnya. TITIK PENGAMBILAN KEPUTUSAN: Setelah mengambil informasi studi, konfirmasikan dengan pengguna: Subset sampel mana yang akan diunduh (jika terdapat beberapa tipe data)

Jalur hulu · L26 ↗

Melangkah2Pilih Saluran Pipa

TITIK PENGAMBILAN KEPUTUSAN: Konfirmasi dengan pengguna sebelum melanjutkan. Deteksi otomatis dari data: Untuk detail spesifik pipeline:

Jalur hulu · L88 ↗
Jalur hulu · ↗
- [ ] Step 0: Acquire data (if from GEO/SRA)
- [ ] Step 1: Environment check (MUST pass)
- [ ] Step 2: Select pipeline (confirm with user)
- [ ] Step 3: Run test profile (MUST pass)
- [ ] Step 4: Create samplesheet
- [ ] Step 5: Configure & run (confirm genome with user)
- [ ] Step 6: Verify outputs

Persyaratan dan pengaturan

Melangkah1: Pemeriksaan Lingkungan

Jalankan terlebih dahulu. Pipeline akan gagal jika lingkungan tidak terpenuhi. Semua pemeriksaan penting harus berhasil. Jika ada yang gagal, berikan petunjuk perbaikan:

Jalur hulu · L53 ↗

Batasan dan pemeriksaan kualitas

Tidak ada bagian batasan terpisah yang dipilih dari file ini. Ini tidak berarti Keterampilan ini aman untuk setiap input atau lingkungan. Tinjau sumber lengkapnya dan validasi hasil Anda sendiri.

Mulailah dengan uji coba yang aman.

  1. Periksa host yang didukung dan petunjuk instalasi repositori. Simpan direktori Skill beserta skrip, aset, dan dokumentasi yang dirujuk di dalamnya secara bersamaan;SKILL.mdsendirian dapat menghilangkan dependensi.
  2. Berikan input sebenarnya, output yang diinginkan, dan kriteria penerimaan kepada agen. Sintaks pemanggilan dan alat yang tersedia bergantung pada host; situs ini tidak mengasumsikan perintah instalasi universal.
  3. Cobalah alur kerja sumber dalam proyek sementara atau pada salinannya. Tinjau operasi yang mengubah file, layanan jarak jauh, atau sumber daya yang dapat ditagih sebelum mengizinkannya.
  4. Validasi output terhadap pemeriksaan kualitas sumber dan persyaratan Anda sendiri. Pemicu yang berhasil atau jumlah bintang repositori yang tinggi tidak menjamin hasil yang benar.

Spesifikasi format dan direktori keterampilan ↗

Baca selengkapnya di sumber aslinya.

Terjemahan dan ruang lingkup

Panduan membaca ini memilih bagian-bagian dari teks yang telah disematkan di bagian atas.SKILL.mdTerjemahan ini dibantu. Ini bukan manual lengkap atau klaim kompatibilitas yang telah diuji. Bacalah dokumen asli dan file referensinya sebelum digunakan.

Pendahuluan ini mengacu pada versi yang disematkan di bawah ini; aktivitas repositori saat ini dan waktu pengumpulan ditampilkan secara terpisah.

Sumber yang disematkan
Baca teks aslinya ↗
Sumber diambil
Komit sumber
2574e29377c7173d0cecffef29a6ecbd7f8ccb5d
Sumber SHA-256
f30017df5d499427a701ec6cedfc5c9948ca3bd04ee1a2b6a585a29cd93ad0d7
Kembali ke katalog Keterampilan lengkap