nextflow-developmentالغرض والاستخدام والمصدر

ما تفعله هذه المهارة

قم بتشغيل برامج تحليل المعلوماتية الحيوية nf-core (rnaseq، sarek، atacseq) على بيانات التسلسل. استخدمها عند تحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq).WGS/WESأو بيانات ATAC-seq - سواء كانت ملفات FASTQ محلية أو مجموعات بيانات عامة منGEO/SRA.تشغيل nf-core، وNextflow، وتحليل FASTQ، واستدعاء المتغيرات، والتعبير الجيني، والتعبير التفاضلي، وإعادة تحليل GEO،GSE/GSM/SRRعمليات الاستحواذ، أو إنشاء ورقة العينات.

طريقة الاستخدام وفق المستند الأصلي

- [ ] Step 0: Acquire data (if from GEO/SRA)
- [ ] Step 1: Environment check (MUST pass)
- [ ] Step 2: Select pipeline (confirm with user)
- [ ] Step 3: Run test profile (MUST pass)
- [ ] Step 4: Create samplesheet
- [ ] Step 5: Configure & run (confirm genome with user)
- [ ] Step 6: Verify outputs

المتطلبات والإعداد

الحدود وفحوصات الجودة

لم يتم تحديد أي مقطع حدود منفصل من هذا الملف. هذا لا يعني أن المهارة آمنة لكل مدخلات أو بيئة. راجع المصدر بالكامل وتحقق من صحة النتيجة بنفسك.

ابدأ بتجربة آمنة

1. تحقق من المضيف المدعوم وتعليمات تثبيت المستودع. احتفظ بمجلد المهارات والبرامج النصية والأصول والوثائق المشار إليها معًا؛SKILL.mdقد يؤدي وجود شخص واحد فقط إلى إغفال بعض التبعيات.
2. زوّد البرنامج ببياناتك الفعلية، والمخرجات المطلوبة، ومعايير القبول. يعتمد بناء جملة الاستدعاء والأدوات المتاحة على النظام المضيف؛ ولا يفترض هذا الموقع وجود أمر تثبيت موحد.
3. جرّب سير العمل الأصلي في مشروع مؤقت أو على نسخة احتياطية. راجع العمليات التي تُغيّر الملفات أو الخدمات البعيدة أو الموارد القابلة للفوترة قبل السماح بها.
4. تحقق من صحة المخرجات بمقارنتها بفحوصات جودة المصدر ومتطلباتك الخاصة. لا يُعدّ نجاح عملية التشغيل أو ارتفاع عدد النجوم في المستودع دليلاً على صحة النتيجة.

مواصفات ملف المهارة وبنية المجلدات ↗

اقرأ المزيد في المصدر

• نشر خط أنابيب nf-core
• خطوة0: الحصول على البيانات (GEO/SRAفقط)
• خطوة1فحص البيئة
• مشاكل جافا
• خطوة2حدد مسار البيانات
• خطوة3تشغيل ملف تعريف الاختبار
• يتم الإنشاء تلقائيًا
• نماذج أوراق العينات
• 5أ. التحقق من توافر الجينوم
• 5ب. نقاط اتخاذ القرار
• 5ج. تشغيل خط الأنابيب
• المخرجات الرئيسية حسب خط الأنابيب
• مرجع سريع
• مراجع
• تنصل
• الإسناد
• التراخيص

المهارات ذات الصلة

• account-contextanthropics/knowledge-work-plugins
• account-researchanthropics/knowledge-work-plugins
• account-researchanthropics/knowledge-work-plugins
• briefanthropics/knowledge-work-plugins

الترجمة والنطاق

يختار دليل القراءة هذا مقاطع من المصدر الرئيسي المثبتSKILL.mdهذه الترجمة مساعدة. وهي ليست دليلاً كاملاً ولا تضمن التوافق المُختَبَر. يُرجى قراءة النص الأصلي والملفات المُشار إليها قبل الاستخدام.

تشير هذه المقدمة إلى النسخة المثبتة أدناه؛ ويتم عرض نشاط المستودع الحالي ووقت التجميع بشكل منفصل.

المصدر بإصدار ثابت

اقرأ الأصل ↗

تم استرجاع المصدر

2026-10-29T09:32:23Z

معرّف نسخة Git

2574e29377c7173d0cecffef29a6ecbd7f8ccb5d

المصدر SHA-256

f30017df5d499427a701ec6cedfc5c9948ca3bd04ee1a2b6a585a29cd93ad0d7