Panduan membaca yang dilokalisasi
single-cell-rna-qcTujuan, penggunaan, dan sumber
Melakukan kontrol kualitas pada data RNA-seq sel tunggal (.h5iklan atau .h5(file) menggunakan praktik terbaik scverse dengan penyaringan berbasis MAD dan visualisasi komprehensif. Gunakan saat pengguna meminta analisis QC, penyaringan sel berkualitas rendah, penilaian kualitas data, atau mengikutiscverse/scanpyPraktik terbaik untuk analisis sel tunggal.
Sumber diambil:
- Repositori sumber
- anthropics/knowledge-work-plugins
- SKILL.md
bio-research/skills/single-cell-rna-qc/SKILL.md- Bintang Repositori
- 34,049
- Pembaruan terakhir repositori
- 2026-10-30
- Klasifikasi Kemampuan
- Riset
- Waktu pengumpulan terbaru
Lisensi: File lisensi perlu diverifikasi
Cuplikan alur kerja adalah alat bantu baca, bukan instruksi yang dapat dieksekusi dari Codez. Tidak ada Skill pihak ketiga yang dijalankan untuk menghasilkan halaman ini.
Bagian yang menjelaskan tujuan dan alur kerja di bawah ini merupakan materi dari hulu, yang telah diorganisir dan diterjemahkan untuk dibaca. Bagian ini berbeda dari analisis editorial Codez yang diberi label secara terpisah.
Apa yang dilakukan oleh Skill ini?
Melakukan kontrol kualitas pada data RNA-seq sel tunggal (.h5iklan atau .h5(file) menggunakan praktik terbaik scverse dengan penyaringan berbasis MAD dan visualisasi komprehensif. Gunakan saat pengguna meminta analisis QC, penyaringan sel berkualitas rendah, penilaian kualitas data, atau mengikutiscverse/scanpyPraktik terbaik untuk analisis sel tunggal.
Bagaimana alur kerja hulu bekerja
Mendekati1: Alur Kontrol Kualitas Lengkap (Direkomendasikan untuk Alur Kerja Standar)
Untuk kontrol kualitas standar yang mengikuti praktik terbaik scverse, gunakan skrip praktis ini.scripts/qc_analysis.pySkrip ini secara otomatis mendeteksi format file dan memuatnya dengan tepat. Kapan menggunakan pendekatan ini: Alur kerja QC standar dengan ambang batas yang dapat disesuaikan (semua sel difilter dengan cara yang sama)
Langkah-langkah Alur Kerja
Skrip ini menjalankan langkah-langkah berikut: Menghitung metrik QC - Kedalaman hitungan, deteksi gen,mitochondrial/ribosomal/hemoglobinKonten: Terapkan penyaringan berbasis MAD - Deteksi outlier permisif menggunakan ambang batas MAD untukcounts/genes/MT% Filter gen - Menghapus gen yang terdeteksi di sedikit sel
Jalur hulu · L67 ↗Mendekati2: Blok Bangunan Modular (Untuk Alur Kerja Kustom)
Untuk alur kerja analisis khusus atau persyaratan non-standar, gunakan fungsi utilitas modular dariscripts/qc_core.pyDanscripts/qc_plotting.pyKapan menggunakan pendekatan ini: Alur kerja yang berbeda diperlukan (melewati langkah-langkah, mengubah urutan, menerapkan ambang batas yang berbeda pada subset) Logika kondisional (misalnya, menyaring neuron secara berbeda dari sel lain)
python3 scripts/qc_analysis.py input.h5ad
# or for 10X Genomics .h5 files:
python3 scripts/qc_analysis.py raw_feature_bc_matrix.h5Persyaratan dan pengaturan
Tidak ada bagian persyaratan singkat yang dipilih dari file ini. Ini tidak berarti Skill tersebut tidak memiliki dependensi. Periksa petunjuk pengaturan repositori dan file yang dirujuk.
Batasan dan pemeriksaan kualitas
Kontrol Kualitas RNA-seq Sel Tunggal
Alur kerja QC otomatis untuk data RNA-seq sel tunggal mengikuti praktik terbaik scverse.
Jalur hulu · L6 ↗Mulailah dengan uji coba yang aman.
- Periksa host yang didukung dan petunjuk instalasi repositori. Simpan direktori Skill beserta skrip, aset, dan dokumentasi yang dirujuk di dalamnya secara bersamaan;SKILL.mdsendirian dapat menghilangkan dependensi.
- Berikan input sebenarnya, output yang diinginkan, dan kriteria penerimaan kepada agen. Sintaks pemanggilan dan alat yang tersedia bergantung pada host; situs ini tidak mengasumsikan perintah instalasi universal.
- Cobalah alur kerja sumber dalam proyek sementara atau pada salinannya. Tinjau operasi yang mengubah file, layanan jarak jauh, atau sumber daya yang dapat ditagih sebelum mengizinkannya.
- Validasi output terhadap pemeriksaan kualitas sumber dan persyaratan Anda sendiri. Pemicu yang berhasil atau jumlah bintang repositori yang tinggi tidak menjamin hasil yang benar.
Baca selengkapnya di sumber aslinya.
- Kontrol Kualitas RNA-seq Sel Tunggal
- Kapan Menggunakan Keterampilan Ini?
- Mendekati1: Alur Kontrol Kualitas Lengkap (Direkomendasikan untuk Alur Kerja Standar)
- Langkah-langkah Alur Kerja
- Mendekati2: Blok Bangunan Modular (Untuk Alur Kerja Kustom)
- Praktik Terbaik
- Bahan Referensi
- Langkah Selanjutnya Setelah Kontrol Kualitas
Keterampilan Terkait
Terjemahan dan ruang lingkup
Panduan membaca ini memilih bagian-bagian dari teks yang telah disematkan di bagian atas.SKILL.mdTerjemahan ini dibantu. Ini bukan manual lengkap atau klaim kompatibilitas yang telah diuji. Bacalah dokumen asli dan file referensinya sebelum digunakan.
Pendahuluan ini mengacu pada versi yang disematkan di bawah ini; aktivitas repositori saat ini dan waktu pengumpulan ditampilkan secara terpisah.
- Sumber yang disematkan
- Baca teks aslinya ↗
- Sumber diambil
- Komit sumber
2574e29377c7173d0cecffef29a6ecbd7f8ccb5d- Sumber SHA-256
49cb573916deec6fcf6cc2cb1b573469cbc8c34b84326597ce2db22d0202393f