Guía de lectura localizada
single-cell-rna-qcFinalidad, uso y origen
Realiza el control de calidad de los datos de secuenciación de ARN de células individuales (.h5anuncio o .h5archivos) utilizando las mejores prácticas de scverse con filtrado basado en MAD y visualizaciones completas. Úselo cuando los usuarios soliciten análisis de control de calidad, filtrado de celdas de baja calidad, evaluación de la calidad de los datos o seguimientoscverse/scanpyMejores prácticas para el análisis de células individuales.
Fuente recuperada:
- Repositorio de origen
- anthropics/knowledge-work-plugins
- SKILL.md
bio-research/skills/single-cell-rna-qc/SKILL.md- Estrellas del repositorio
- 34,049
- Actualización del repositorio
- 2026-10-30
- Clasificación de habilidades
- Investigación
- Última recopilación
Licencia: Documentos de licencia pendientes de verificación
Los extractos del flujo de trabajo son guías de lectura, no instrucciones ejecutables de Codez. No se utilizó ninguna habilidad de terceros para generar esta página.
Los siguientes fragmentos sobre el propósito y el flujo de trabajo son material preliminar, organizado y traducido para su lectura. Son distintos del análisis editorial de Codez, que se presenta por separado.
Lo que hace esta habilidad
Realiza el control de calidad de los datos de secuenciación de ARN de células individuales (.h5anuncio o .h5archivos) utilizando las mejores prácticas de scverse con filtrado basado en MAD y visualizaciones completas. Úselo cuando los usuarios soliciten análisis de control de calidad, filtrado de celdas de baja calidad, evaluación de la calidad de los datos o seguimientoscverse/scanpyMejores prácticas para el análisis de células individuales.
Cómo funciona el flujo de trabajo ascendente
Acercarse1: Proceso completo de control de calidad (recomendado para flujos de trabajo estándar)
Para el control de calidad estándar siguiendo las mejores prácticas de scverse, utilice el script de conveniencia.scripts/qc_analysis.pyEl script detecta automáticamente el formato del archivo y lo carga correctamente. Cuándo usar este método: Flujo de trabajo de control de calidad estándar con umbrales ajustables (todas las células se filtran de la misma manera).
Pasos del flujo de trabajo
El script realiza los siguientes pasos: Calcular métricas de control de calidad: profundidad de conteo, detección de genes,mitochondrial/ribosomal/hemoglobincontenido Aplicar filtrado basado en MAD: detección permisiva de valores atípicos utilizando umbrales MAD paracounts/genes/MT% Filtrar genes: elimina los genes detectados en pocas células.
Paso río arriba · L67 ↗Acercarse2: Bloques de construcción modulares (para flujos de trabajo personalizados)
Para flujos de trabajo de análisis personalizados o requisitos no estándar, utilice las funciones de utilidad modulares descripts/qc_core.pyyscripts/qc_plotting.py: Cuándo usar este enfoque: Se necesita un flujo de trabajo diferente (omitir pasos, cambiar el orden, aplicar diferentes umbrales a subconjuntos). Lógica condicional (por ejemplo, filtrar neuronas de manera diferente a otras células).
python3 scripts/qc_analysis.py input.h5ad
# or for 10X Genomics .h5 files:
python3 scripts/qc_analysis.py raw_feature_bc_matrix.h5Requisitos y configuración
No se seleccionó ningún fragmento de requisitos breves de este archivo. Esto no significa que la habilidad no tenga dependencias. Consulte las instrucciones de configuración del repositorio y los archivos de referencia.
Límites y controles de calidad
Control de calidad de la secuenciación de ARN de células individuales
Flujo de trabajo de control de calidad automatizado para datos de secuenciación de ARN de células individuales siguiendo las mejores prácticas de scverse.
Paso río arriba · L6 ↗Comience con una prueba segura.
- Verifique el host compatible y las instrucciones de instalación del repositorio. Mantenga juntos el directorio Skill y sus scripts, recursos y documentación a los que hace referencia;SKILL.mdsolo puede omitir dependencias.
- Proporcione al agente sus datos reales, el resultado deseado y los criterios de aceptación. La sintaxis de invocación y las herramientas disponibles dependen del sistema anfitrión; este sitio no presupone un comando de instalación universal.
- Pruebe el flujo de trabajo original en un proyecto desechable o en una copia. Revise las operaciones que modifican archivos, servicios remotos o recursos facturables antes de autorizarlas.
- Valide el resultado comparándolo con los controles de calidad de origen y sus propios requisitos. Un activador exitoso o un alto número de estrellas en el repositorio no garantizan un resultado correcto.
Lea más en la fuente
- Control de calidad de la secuenciación de ARN de células individuales
- Cuándo usar esta habilidad
- Acercarse1: Proceso completo de control de calidad (recomendado para flujos de trabajo estándar)
- Pasos del flujo de trabajo
- Acercarse2: Bloques de construcción modulares (para flujos de trabajo personalizados)
- Mejores prácticas
- Materiales de referencia
- Próximos pasos después del control de calidad
Habilidades relacionadas
Traducción y alcance
Esta guía de lectura selecciona pasajes de la sección fijada en la parte superior.SKILL.mdLa traducción es asistida. No se trata de un manual completo ni garantiza la compatibilidad. Lea el original y los archivos a los que hace referencia antes de usarlo.
Esta introducción hace referencia a la versión fijada a continuación; la actividad actual del repositorio y la hora de recopilación se muestran por separado.
- Fuente fijada
- Lee el original ↗
- Fuente recuperada
- Confirmación de origen
2574e29377c7173d0cecffef29a6ecbd7f8ccb5d- Fuente SHA-256
49cb573916deec6fcf6cc2cb1b573469cbc8c34b84326597ce2db22d0202393f