Guia de leitura localizado
single-cell-rna-qcFinalidade, utilização e fonte
Realiza controle de qualidade em dados de RNA-seq de célula única (.h5anúncio ou .h5arquivos) usando as melhores práticas do SCverse com filtragem baseada em MAD e visualizações abrangentes. Use quando os usuários solicitarem análise de controle de qualidade, filtragem de células de baixa qualidade, avaliação da qualidade dos dados ou seguindoscverse/scanpyMelhores práticas para análise de células individuais.
Fonte recuperada:
- Repositório de origem
- anthropics/knowledge-work-plugins
- SKILL.md
bio-research/skills/single-cell-rna-qc/SKILL.md- Estrelas do repositório
- 34,049
- Atualização do repositório
- 2026-10-30
- Classificação de Habilidades
- Pesquisa
- Última coleta
Licença: Arquivo de licença pendente de verificação
Os trechos do fluxo de trabalho são auxiliares de leitura e não instruções executáveis do Codez. Nenhuma Skill de terceiros foi executada para gerar esta página.
Os trechos abaixo, que descrevem o propósito e o fluxo de trabalho, são material original, organizado e traduzido para facilitar a leitura. Eles são distintos da análise editorial da Codez, que possui uma etiqueta separada.
O que esta habilidade faz
Realiza controle de qualidade em dados de RNA-seq de célula única (.h5anúncio ou .h5arquivos) usando as melhores práticas do SCverse com filtragem baseada em MAD e visualizações abrangentes. Use quando os usuários solicitarem análise de controle de qualidade, filtragem de células de baixa qualidade, avaliação da qualidade dos dados ou seguindoscverse/scanpyMelhores práticas para análise de células individuais.
Como funciona o fluxo de trabalho upstream
Abordagem1Pipeline de controle de qualidade completo (recomendado para fluxos de trabalho padrão)
Para controle de qualidade padrão seguindo as melhores práticas da SCverse, utilize o script de conveniência.scripts/qc_analysis.pyO script detecta automaticamente o formato do arquivo e o carrega adequadamente. Quando usar essa abordagem: Fluxo de trabalho de controle de qualidade padrão com limites ajustáveis (todas as células filtradas da mesma maneira).
Etapas do fluxo de trabalho
O script executa as seguintes etapas: Calcular métricas de controle de qualidade - Profundidade de contagem, detecção de genes,mitochondrial/ribosomal/hemoglobinAplicar filtragem baseada em MAD - Detecção permissiva de outliers usando limiares MAD paracounts/genes/MTFiltrar genes - Remover genes detectados em poucas células
Passagem a montante · L67 ↗Abordagem2Blocos de construção modulares (para fluxos de trabalho personalizados)
Para fluxos de trabalho de análise personalizados ou requisitos não padronizados, utilize as funções utilitárias modulares descripts/qc_core.pyescripts/qc_plotting.pyQuando usar essa abordagem: Fluxo de trabalho diferente necessário (pular etapas, alterar a ordem, aplicar limites diferentes a subconjuntos); Lógica condicional (por exemplo, filtrar neurônios de forma diferente de outras células).
python3 scripts/qc_analysis.py input.h5ad
# or for 10X Genomics .h5 files:
python3 scripts/qc_analysis.py raw_feature_bc_matrix.h5Requisitos e configuração
Nenhuma passagem de requisitos resumida foi selecionada deste arquivo. Isso não significa que a Skill não tenha dependências. Verifique as instruções de configuração do repositório e os arquivos referenciados.
Limites e verificações de qualidade
Controle de qualidade de RNA-seq de célula única
Fluxo de trabalho automatizado de controle de qualidade para dados de RNA-seq de célula única, seguindo as melhores práticas do Scverse.
Passagem a montante · L6 ↗Comece com um teste seguro.
- Verifique o host compatível e as instruções de instalação do repositório. Mantenha o diretório Skill e seus scripts, recursos e documentação referenciados juntos;SKILL.mdsozinho pode omitir dependências.
- Forneça ao agente suas entradas reais, a saída desejada e os critérios de aceitação. A sintaxe de invocação e as ferramentas disponíveis dependem do host; este site não pressupõe um comando de instalação universal.
- Teste o fluxo de trabalho original em um projeto descartável ou em uma cópia. Analise as operações que alteram arquivos, serviços remotos ou recursos faturáveis antes de permiti-las.
- Valide o resultado comparando-o com as verificações de qualidade da fonte e com seus próprios requisitos. Um gatilho bem-sucedido ou uma alta contagem de estrelas no repositório não garantem um resultado correto.
Leia mais na fonte.
- Controle de qualidade de RNA-seq de célula única
- Quando usar essa habilidade
- Abordagem1Pipeline de controle de qualidade completo (recomendado para fluxos de trabalho padrão)
- Etapas do fluxo de trabalho
- Abordagem2Blocos de construção modulares (para fluxos de trabalho personalizados)
- Melhores práticas
- Materiais de referência
- Próximos passos após o controle de qualidade
Habilidades relacionadas
Tradução e escopo
Este guia de leitura seleciona trechos do texto fixado a montante.SKILL.mdA tradução foi feita com auxílio de ferramentas. Este não é um manual completo nem garante compatibilidade comprovada. Leia o original e os arquivos referenciados antes de usar.
Esta introdução refere-se à versão fixada abaixo; a atividade atual do repositório e o tempo de coleta são mostrados separadamente.
- Fonte fixada
- Leia o original ↗
- Fonte recuperada
- Commit de origem
2574e29377c7173d0cecffef29a6ecbd7f8ccb5d- Fonte SHA-256
49cb573916deec6fcf6cc2cb1b573469cbc8c34b84326597ce2db22d0202393f