Guide de lecture localisé
single-cell-rna-qcObjectif, utilisation et source
Effectue un contrôle qualité sur les données de séquençage d'ARN de cellules uniques (.h5annonce ou .h5Fichiers) utilisant les meilleures pratiques de scverse avec filtrage basé sur l'écart absolu moyen (MAD) et visualisations complètes. À utiliser lorsque les utilisateurs demandent une analyse de contrôle qualité, le filtrage des cellules de faible qualité, l'évaluation de la qualité des données ou le suiviscverse/scanpymeilleures pratiques pour l'analyse unicellulaire.
Source récupérée:
- Dépôt source
- anthropics/knowledge-work-plugins
- SKILL.md
bio-research/skills/single-cell-rna-qc/SKILL.md- Étoiles du dépôt
- 34,049
- Mise à jour du dépôt
- 2026-10-30
- Catégories de capacités
- Recherche
- Dernière collecte
Licence : Fichier de licence à vérifier
Les extraits de flux de travail sont des outils de lecture et non des instructions exécutables de Codez. Aucune compétence tierce n'a été utilisée pour générer cette page.
Les passages relatifs à l'objectif et au flux de travail ci-dessous constituent le contenu original, organisé et traduit pour la lecture. Ils sont distincts de l'analyse éditoriale de Codez, qui est étiquetée séparément.
À quoi sert cette compétence ?
Effectue un contrôle qualité sur les données de séquençage d'ARN de cellules uniques (.h5annonce ou .h5Fichiers) utilisant les meilleures pratiques de scverse avec filtrage basé sur l'écart absolu moyen (MAD) et visualisations complètes. À utiliser lorsque les utilisateurs demandent une analyse de contrôle qualité, le filtrage des cellules de faible qualité, l'évaluation de la qualité des données ou le suiviscverse/scanpymeilleures pratiques pour l'analyse unicellulaire.
Comment fonctionne le flux de travail en amont
Approche1Pipeline QC complet (recommandé pour les flux de travail standard)
Pour un contrôle qualité standard suivant les meilleures pratiques de scverse, utilisez le script de commoditéscripts/qc_analysis.pyLe script détecte automatiquement le format du fichier et le charge correctement. Quand utiliser cette méthode : Flux de travail de contrôle qualité standard avec seuils ajustables (toutes les cellules filtrées de la même manière).
Étapes du flux de travail
Le script effectue les étapes suivantes : Calcul des indicateurs de contrôle qualité – profondeur de comptage, détection des gènes,mitochondrial/ribosomal/hemoglobinAppliquer un filtrage basé sur le MAD - Détection permissive des valeurs aberrantes à l'aide de seuils MAD pour le contenucounts/genes/MT% Filtrer les gènes - Supprimer les gènes détectés dans peu de cellules
passage en amont · L67 ↗Approche2: Blocs de construction modulaires (pour les flux de travail personnalisés)
Pour les flux de travail d'analyse personnalisés ou les exigences non standard, utilisez les fonctions utilitaires modulaires descripts/qc_core.pyetscripts/qc_plotting.pyQuand utiliser cette approche : Flux de travail différent nécessaire (sauter des étapes, modifier l’ordre, appliquer des seuils différents aux sous-ensembles) Logique conditionnelle (par exemple, filtrer les neurones différemment des autres cellules)
python3 scripts/qc_analysis.py input.h5ad
# or for 10X Genomics .h5 files:
python3 scripts/qc_analysis.py raw_feature_bc_matrix.h5Configuration requise
Aucun extrait de configuration n'a été sélectionné dans ce fichier. Cela ne signifie pas que la compétence est sans dépendances. Consultez les instructions de configuration du dépôt et les fichiers référencés.
Limites et contrôles de qualité
Contrôle de la qualité du séquençage d'ARN unicellulaire
Flux de travail de contrôle qualité automatisé pour les données de séquençage d'ARN unicellulaire suivant les meilleures pratiques de scverse.
passage en amont · L6 ↗Commencez par un essai sans danger
- Vérifiez l'hôte pris en charge et les instructions d'installation du dépôt. Conservez le répertoire Skill ainsi que ses scripts, ressources et documentation référencés ;SKILL.mdSeul, il peut omettre les dépendances.
- Indiquez à l'agent vos paramètres d'entrée réels, le résultat souhaité et les critères d'acceptation. La syntaxe d'appel et les outils disponibles dépendent du système hôte ; ce site ne propose pas de commande d'installation universelle.
- Testez le flux de travail source dans un projet temporaire ou sur une copie. Avant d'autoriser les opérations qui modifient des fichiers, des services distants ou des ressources facturables, examinez-les attentivement.
- Vérifiez la conformité du résultat avec les contrôles qualité sources et vos propres exigences. Un déclenchement réussi ou un nombre élevé d'étoiles dans le dépôt ne garantissent pas un résultat correct.
Pour en savoir plus, consultez la source.
- Contrôle de la qualité du séquençage d'ARN unicellulaire
- Quand utiliser cette compétence
- Approche1Pipeline QC complet (recommandé pour les flux de travail standard)
- Étapes du flux de travail
- Approche2: Blocs de construction modulaires (pour les flux de travail personnalisés)
- Meilleures pratiques
- Documents de référence
- Étapes suivantes après le contrôle qualité
Compétences connexes
Traduction et étendue
Ce guide de lecture sélectionne des passages de l'amont épingléSKILL.mdCette traduction est assistée. Elle ne constitue pas un manuel complet et ne garantit pas une compatibilité testée. Veuillez lire le document original et les fichiers auxquels il fait référence avant utilisation.
Cette introduction fait référence à la version épinglée ci-dessous ; l’activité actuelle du dépôt et la durée de la collecte sont indiquées séparément.
- Source épinglée
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- Source récupérée
- Commit source
2574e29377c7173d0cecffef29a6ecbd7f8ccb5d- Source SHA-256
49cb573916deec6fcf6cc2cb1b573469cbc8c34b84326597ce2db22d0202393f