دليل قراءة متعدد اللغات للمهارة
single-cell-rna-qcالغرض والاستخدام والمصدر
يُجري مراقبة الجودة على بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية (.h5إعلان أو .h5(ملفات) باستخدام أفضل ممارسات scverse مع التصفية القائمة على MAD والتصورات الشاملة. استخدمها عندما يطلب المستخدمون تحليل مراقبة الجودة، أو تصفية الخلايا منخفضة الجودة، أو تقييم جودة البيانات، أو بعدscverse/scanpyأفضل الممارسات لتحليل الخلايا المفردة.
تم استرجاع المصدر:
- مستودع المصدر
- anthropics/knowledge-work-plugins
- SKILL.md
bio-research/skills/single-cell-rna-qc/SKILL.md- نجوم المستودع
- 34,049
- آخر تحديث للمستودع
- 2026-10-30
- تصنيف القدرات
- بحث
- وقت التجميع الأخير
الترخيص: ملف الترخيص بحاجة إلى التحقق
مقتطفات سير العمل هي أدوات مساعدة للقراءة، وليست تعليمات تنفيذية من Codez. لم يتم تشغيل أي مهارة تابعة لجهة خارجية لإنتاج هذه الصفحة.
تُعدّ فقرات الغرض وسير العمل الواردة أدناه موادًا أساسية، مُنظّمة ومترجمة لتسهيل القراءة. وهي تختلف عن التحليل التحريري لـ Codez المُصنّف بشكل منفصل.
ما تفعله هذه المهارة
يُجري مراقبة الجودة على بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية (.h5إعلان أو .h5(ملفات) باستخدام أفضل ممارسات scverse مع التصفية القائمة على MAD والتصورات الشاملة. استخدمها عندما يطلب المستخدمون تحليل مراقبة الجودة، أو تصفية الخلايا منخفضة الجودة، أو تقييم جودة البيانات، أو بعدscverse/scanpyأفضل الممارسات لتحليل الخلايا المفردة.
طريقة الاستخدام وفق المستند الأصلي
يقترب1: مسار مراقبة الجودة الكامل (موصى به لسير العمل القياسي)
لإجراء مراقبة الجودة القياسية وفقًا لأفضل ممارسات scverse، استخدم البرنامج النصي المريح.scripts/qc_analysis.pyيقوم البرنامج النصي تلقائيًا باكتشاف تنسيق الملف وتحميله بالشكل المناسب. متى يُستخدم هذا الأسلوب؟ في سير عمل مراقبة الجودة القياسي مع عتبات قابلة للتعديل (يتم تصفية جميع الخلايا بنفس الطريقة).
خطوات سير العمل
يقوم البرنامج النصي بالخطوات التالية: حساب مقاييس مراقبة الجودة - عمق العد، والكشف عن الجينات،mitochondrial/ribosomal/hemoglobinتطبيق الترشيح القائم على متوسط الانحراف المطلق (MAD) - الكشف عن القيم الشاذة المتساهلة باستخدام عتبات متوسط الانحراف المطلق (MAD) لـcounts/genes/MTتصفية الجينات - إزالة الجينات التي تم اكتشافها في عدد قليل من الخلايا
مقتطف من المصدر · L67 ↗يقترب2وحدات بناء معيارية (لسير العمل المخصص)
بالنسبة لسير العمل التحليلي المخصص أو المتطلبات غير القياسية، استخدم وظائف الأدوات المساعدة المعيارية منscripts/qc_core.pyوscripts/qc_plotting.pyمتى يُستخدم هذا النهج: عند الحاجة إلى سير عمل مختلف (تخطي الخطوات، تغيير الترتيب، تطبيق عتبات مختلفة على مجموعات فرعية) المنطق الشرطي (على سبيل المثال، تصفية الخلايا العصبية بشكل مختلف عن الخلايا الأخرى)
python3 scripts/qc_analysis.py input.h5ad
# or for 10X Genomics .h5 files:
python3 scripts/qc_analysis.py raw_feature_bc_matrix.h5المتطلبات والإعداد
لم يتم اختيار أي فقرة متطلبات مختصرة من هذا الملف. هذا لا يعني أن المهارة لا تعتمد على أي ملفات أخرى. راجع تعليمات إعداد المستودع والملفات المرجعية.
الحدود وفحوصات الجودة
مراقبة جودة تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية
سير عمل آلي لمراقبة الجودة لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية باتباع أفضل الممارسات في scverse.
مقتطف من المصدر · L6 ↗ابدأ بتجربة آمنة
- تحقق من المضيف المدعوم وتعليمات تثبيت المستودع. احتفظ بمجلد المهارات والبرامج النصية والأصول والوثائق المشار إليها معًا؛SKILL.mdقد يؤدي وجود شخص واحد فقط إلى إغفال بعض التبعيات.
- زوّد البرنامج ببياناتك الفعلية، والمخرجات المطلوبة، ومعايير القبول. يعتمد بناء جملة الاستدعاء والأدوات المتاحة على النظام المضيف؛ ولا يفترض هذا الموقع وجود أمر تثبيت موحد.
- جرّب سير العمل الأصلي في مشروع مؤقت أو على نسخة احتياطية. راجع العمليات التي تُغيّر الملفات أو الخدمات البعيدة أو الموارد القابلة للفوترة قبل السماح بها.
- تحقق من صحة المخرجات بمقارنتها بفحوصات جودة المصدر ومتطلباتك الخاصة. لا يُعدّ نجاح عملية التشغيل أو ارتفاع عدد النجوم في المستودع دليلاً على صحة النتيجة.
اقرأ المزيد في المصدر
المهارات ذات الصلة
الترجمة والنطاق
يختار دليل القراءة هذا مقاطع من المصدر الرئيسي المثبتSKILL.mdهذه الترجمة مساعدة. وهي ليست دليلاً كاملاً ولا تضمن التوافق المُختَبَر. يُرجى قراءة النص الأصلي والملفات المُشار إليها قبل الاستخدام.
تشير هذه المقدمة إلى النسخة المثبتة أدناه؛ ويتم عرض نشاط المستودع الحالي ووقت التجميع بشكل منفصل.
- المصدر بإصدار ثابت
- اقرأ الأصل ↗
- تم استرجاع المصدر
- معرّف نسخة Git
2574e29377c7173d0cecffef29a6ecbd7f8ccb5d- المصدر SHA-256
49cb573916deec6fcf6cc2cb1b573469cbc8c34b84326597ce2db22d0202393f