Локализованное руководство по чтению

scvi-toolsНазначение, использование и источник

Глубокое обучение для анализа отдельных клеток с использованием scvi-tools. Этот навык следует использовать, когда пользователям это необходимо (1интеграция данных и коррекция пакетных данных с помощьюscVI/scANVI, (2Анализ ATAC-seq с использованием PeakVI, (3) Мультимодальный анализ CITE-seq с использованием totalVI, (4) мультиомный РНК+ATAC анализ с помощью MultiVI, (5) деконволюция пространственной транскриптомики с помощью DestVI, (6) перенос меток и сопоставление ссылок сscANVI/scArches, (7Скорость РНК с помощью veloVI, или (8) любой метод анализа отдельных клеток на основе глубокого обучения. В качестве триггеров могут быть указаны упоминания scVI, scANVI, totalVI, PeakVI, MultiVI, DestVI, veloVI, sysVI, scArches, вариационного автокодировщика, VAE, пакетной коррекции, интеграции данных, мультимодального анализа, CITE-seq, мультиомного анализа, референсного картирования, латентного пространства.

Источник получен: 2026-10-29

Репозиторий-источник: anthropics/knowledge-work-plugins
SKILL.md: bio-research/skills/scvi-tools/SKILL.md
Звёзды репозитория: 34,049
Последнее обновление репозитория: 2026-10-30
Категории Skills: Исследования
Время последнего сбора: 2026-10-31 10:38 UTC+08:00

Лицензия: Файл лицензии требует проверки

Оригинальный файл SKILL.md

Приведенные фрагменты описания рабочих процессов являются вспомогательными средствами для чтения, а не исполняемыми инструкциями от Codez. Для создания этой страницы не использовались сторонние инструменты.

Приведённые ниже фрагменты, описывающие цели и рабочие процессы, представляют собой исходный материал, систематизированный и переведённый для удобства чтения. Они отличаются от отдельно обозначенного редакционного анализа Codez.

Что делает этот навык

Как работает рабочий процесс на вышестоящем уровне

Как использовать этот навык

Определите соответствующий рабочий процесс изmodel/workflowВ таблицах ниже см. соответствующие справочные файлы для получения подробных инструкций и кода. Используйте скрипты вscripts/Во избежание переписывания общего кода. По вопросам установки или проблем с графическим процессором обратитесь в соответствующую службу.references/environment_setup.md

проход вверх по течению · L10 ↗

Когда использовать этот навык

Когда упоминаются scvi-tools, scVI, scANVI или аналогичные модели; когда необходима коррекция или интеграция пакетов на основе глубокого обучения; при работе с мультимодальными данными (CITE-seq, мультиом); когда требуется сопоставление референсных последовательностей или перенос меток.

проход вверх по течению · L18 ↗

scvi-tools Навык глубокого обучения

Данный навык предоставляет рекомендации по анализу отдельных клеток на основе глубокого обучения с использованием scvi-tools, ведущей платформы для вероятностных моделей в геномике отдельных клеток.

проход вверх по течению · L6 ↗

проход вверх по течению · bash ↗

# 1. Validate input data
python scripts/validate_adata.py raw.h5ad --batch-key batch --suggest

# 2. Prepare data (QC, HVG selection)
python scripts/prepare_data.py raw.h5ad prepared.h5ad --batch-key batch --n-hvgs 2000

# 3. Train model
python scripts/train_model.py prepared.h5ad results/ --model scvi --batch-key batch

# 4. Cluster and visualize
python scripts/cluster_embed.py results/adata_trained.h5ad results/ --resolution 0.8

# 5. Differential expression
python scripts/differential_expression.py results/model results/adata_clustered.h5ad results/de.csv --groupby leiden

Требования и настройка

Критические требования

Требуются исходные данные подсчета: для моделей scvi-tools требуются целочисленные данные подсчета. Выбор HVG: Использовать2000-4000гены с высокой изменчивостью

проход вверх по течению · L106 ↗

Ограничения и проверки качества

Из этого файла не был выбран отдельный фрагмент с ограничениями. Это не означает, что навык безопасен для любых входных данных или сред. Проверьте полный исходный код и подтвердите свой собственный результат.

Начните с безопасного пробного периода.

Проверьте поддерживаемый хост и инструкции по установке репозитория. Храните каталог Skill, а также связанные с ним скрипты, ресурсы и документацию вместе;SKILL.mdВ одиночку можно опустить зависимости.
Предоставьте агенту ваши реальные входные данные, желаемый результат и критерии приемки. Синтаксис вызова и доступные инструменты зависят от хоста; данный сайт не предполагает универсальной команды установки.
Попробуйте запустить исходный рабочий процесс в тестовом проекте или в его копии. Перед тем как разрешить операции, изменяющие файлы, удаленные сервисы или оплачиваемые ресурсы, проверьте их.
Проверьте выходные данные на соответствие исходным проверкам качества и вашим собственным требованиям. Успешный запуск или большое количество звезд в репозитории не гарантируют корректного результата.

Формат навыков и спецификация каталога ↗

Подробнее читайте в источнике.

Перевод и сфера применения

В этом руководстве по чтению представлены избранные отрывки из закрепленного текста выше по течению.SKILL.mdПеревод выполнен с помощью переводчика. Это не полное руководство и не гарантия проверенной совместимости. Перед использованием ознакомьтесь с оригиналом и указанными в нем файлами.

Данное введение относится к закрепленной ниже версии; текущая активность в репозитории и время сбора данных отображаются отдельно.

Закрепленный источник: Прочитайте оригинал ↗
Источник получен: 2026-10-29T09:32:23Z
Исходный коммит: 2574e29377c7173d0cecffef29a6ecbd7f8ccb5d
Исходный SHA-256: 03a69b32b77db86afe5f87b75db2ae4c92b03b6e9e16e2c5e66cde2d4ad9c5bc

Вернуться к полному каталогу навыков