scvi-toolsالغرض والاستخدام والمصدر

ما تفعله هذه المهارة

التعلم العميق لتحليل الخلايا المفردة باستخدام أدوات scvi. ينبغي استخدام هذه المهارة عندما يحتاج المستخدمون إلى (1) تكامل البيانات وتصحيح الدفعات معscVI/scANVI، (2تحليل ATAC-seq باستخدام PeakVI، (3) تحليل CITE-seq متعدد الأنماط باستخدام totalVI، (4تحليل الحمض النووي الريبوزي المتعدد (RNA) مع تحليل ATAC باستخدام MultiVI، (5) فك تشفير النسخ المكاني باستخدام DestVI، (6) نقل العلامات وتعيين المراجع معscANVI/scArches، (7سرعة الحمض النووي الريبي باستخدام veloVI، أو (8أي طريقة تعتمد على التعلم العميق لتحليل الخلايا المفردة. تشمل المحفزات ذكر scVI، وscANVI، وtotalVI، وPeakVI، وMultiVI، وDestVI، وveloVI، وsysVI، وscArches، والمشفر التلقائي المتغير، وVAE، وتصحيح الدُفعات، وتكامل البيانات، والتحليل متعدد الوسائط، وCITE-seq، والتحليل متعدد الجينوم، ورسم الخرائط المرجعية، والفضاء الكامن.

طريقة الاستخدام وفق المستند الأصلي

# 1. Validate input data
python scripts/validate_adata.py raw.h5ad --batch-key batch --suggest

# 2. Prepare data (QC, HVG selection)
python scripts/prepare_data.py raw.h5ad prepared.h5ad --batch-key batch --n-hvgs 2000

# 3. Train model
python scripts/train_model.py prepared.h5ad results/ --model scvi --batch-key batch

# 4. Cluster and visualize
python scripts/cluster_embed.py results/adata_trained.h5ad results/ --resolution 0.8

# 5. Differential expression
python scripts/differential_expression.py results/model results/adata_clustered.h5ad results/de.csv --groupby leiden

المتطلبات والإعداد

الحدود وفحوصات الجودة

لم يتم تحديد أي مقطع حدود منفصل من هذا الملف. هذا لا يعني أن المهارة آمنة لكل مدخلات أو بيئة. راجع المصدر بالكامل وتحقق من صحة النتيجة بنفسك.

ابدأ بتجربة آمنة

1. تحقق من المضيف المدعوم وتعليمات تثبيت المستودع. احتفظ بمجلد المهارات والبرامج النصية والأصول والوثائق المشار إليها معًا؛SKILL.mdقد يؤدي وجود شخص واحد فقط إلى إغفال بعض التبعيات.
2. زوّد البرنامج ببياناتك الفعلية، والمخرجات المطلوبة، ومعايير القبول. يعتمد بناء جملة الاستدعاء والأدوات المتاحة على النظام المضيف؛ ولا يفترض هذا الموقع وجود أمر تثبيت موحد.
3. جرّب سير العمل الأصلي في مشروع مؤقت أو على نسخة احتياطية. راجع العمليات التي تُغيّر الملفات أو الخدمات البعيدة أو الموارد القابلة للفوترة قبل السماح بها.
4. تحقق من صحة المخرجات بمقارنتها بفحوصات جودة المصدر ومتطلباتك الخاصة. لا يُعدّ نجاح عملية التشغيل أو ارتفاع عدد النجوم في المستودع دليلاً على صحة النتيجة.

مواصفات ملف المهارة وبنية المجلدات ↗

اقرأ المزيد في المصدر

• مهارة التعلم العميق في أدوات scvi
• كيفية استخدام هذه المهارة
• متى تستخدم هذه المهارة
• نصوص سطر الأوامر
• أدوات بايثون
• المتطلبات الأساسية
• الموارد الرئيسية

المهارات ذات الصلة

• account-contextanthropics/knowledge-work-plugins
• account-researchanthropics/knowledge-work-plugins
• account-researchanthropics/knowledge-work-plugins
• briefanthropics/knowledge-work-plugins

الترجمة والنطاق

يختار دليل القراءة هذا مقاطع من المصدر الرئيسي المثبتSKILL.mdهذه الترجمة مساعدة. وهي ليست دليلاً كاملاً ولا تضمن التوافق المُختَبَر. يُرجى قراءة النص الأصلي والملفات المُشار إليها قبل الاستخدام.

تشير هذه المقدمة إلى النسخة المثبتة أدناه؛ ويتم عرض نشاط المستودع الحالي ووقت التجميع بشكل منفصل.

المصدر بإصدار ثابت

اقرأ الأصل ↗

تم استرجاع المصدر

2026-10-29T09:32:23Z

معرّف نسخة Git

2574e29377c7173d0cecffef29a6ecbd7f8ccb5d

المصدر SHA-256

03a69b32b77db86afe5f87b75db2ae4c92b03b6e9e16e2c5e66cde2d4ad9c5bc